JaCVAMの目的は、国立衛研安全センターの組織規定に示された化学物質等の業務関連物質の安全性評価において、国民の安全を確保しつつ、動物実験に関する３Rs（Reduction：削減、 Refinement：苦痛の軽減、 Replacement：置き換え）の促進に資する新規動物実験代替法を行政試験法として、可能な範囲での導入に貢献することである。これにより、我が国の医薬品等の製造販売承認申請資料の作成及び審査、化粧品基準の改正並びに化学物質、農薬の適正な規制等にも寄与する。

JaCVAMは、本目的のために、業務関連物質の安全性に係る試験法の有用性とその限界及び行政試験法としての妥当性についての評価と、それに必要なバリデーションを実施するとともに、関連分野における国内及び国際協力並びに国際対応に携わる。